Bugetarea pe programe este importantă prin faptul că aceasta face o relație clară între resursele alocate și obiectivele care urmează să fie atinse și rezultatele obținute. De asemenea, prin indicatorii de eficiență această formă de bugetare impune un nivel stabilit de eficiență în realizarea obiectivelor și producerea rezultatelor. Cu toate că în Republica Moldova bugetarea pe programe a început să fie implementată încă de la începutul anilor 2000 progresele înregistrate la acest subiect sunt foarte modeste. De fapt, până în prezent bugetarea pe programe a fost mai mult un exercițiu teoretico-practic fără a avea o finalitate practică pentru procesul bugetar. Raportarea pe programe practic nu este luată în calcul în procesul de raportare și auditare, rămânând o formalitate.
Scopul acestei lucrări este de a prezenta pe exemplul Ministerului Economiei și Ministerului Agriculturii și Industriei Alimentare o analiză referitor la calitatea programelor bugetare. Rezultatele acestei analize se vor utiliza în special pentru promovarea modificărilor tehnice și normative pentru îmbunătățirea bugetării pe programe. De asemenea, ținând cont de importanța bugetării pe programe pentru sporirea transparenței utilizării resurselor publice, recomandările acestui studiu vor fi utilizate pentru monitorizarea implementării depline a bugetelor pe programe în practica bugetară.